船只系统是水战玩法的核心要素，合理使用船只能够显著提升水上作战的胜率。船只分为走舸、蒙冲、斗舰和楼船四种类型，每种船只拥有独特的属性和战术价值。走舸是基础船只，无需专门建造，而蒙冲、斗舰和楼船需要通过升级船坞解锁。楼船作为高级船只，具备更强的攻城能力和耐久度，适合主力部队使用，但需要消耗较多资源建造。船只的属性和技能直接影响水战表现，例如楼船的猛进技能可提升行军速度和首回合伤害，而斗舰的缠斗能恢复平局伤兵，适合持久战。
船只的使用需结合水军兵种适性，武将的水军适性越高，水上作战加成就越显著。初始适性多为B或C级，通过提升船坞等级可逐步提高至A级。出征时，需在军事界面手动为部队装备船只，默认携带的走舸战力有限，建议优先更换高阶船只。若部队战败，所携带的船只将被摧毁，需重新建造。在进攻高难度目标时，需谨慎评估敌我实力，避免不必要的损失。旗舰是同盟共用的特殊船只，需消耗同盟资源建造，能为全盟提供士气加成，但被击败后会暂时削弱同盟士气。
水战地图中的锚地是战略要地，占领后可为附近部队提供士气恢复和伤兵快速补充的效果。锚地守军兵力较强，通常需要同盟协作攻占。在行军过程中，部队无法像陆地战那样随时停留恢复士气，必须依赖锚地或特定指令。巡航技术可让部队挂机驻守并提升属性，渡江则能提供隐身效果，适合突袭作战。船只技术共有六种，其中焚舟适合攻坚连舫敌军，御敌能降低群体伤害并跳过平局时间，而掠敌可战胜后获取资源，适合资源紧缺的玩家。
船只的改装和指令选择需根据战局灵活调整。强攻改装能消除敌方连舫防御层数，适合进攻水军营地；坚韧改装可降低攻城体力消耗，适合器械队。在同盟大规模水战中，需统一指挥技术选择，例如御敌为团队提供士气回复，而接舷适合单挑强队。赤壁之战等特殊剧本会引入专属水战机制，如黄盖火烧连环船事件，需针对性搭配焚舟技术和火攻战法。
