进入马里奥遇境需要掌握特定的操作技巧，目前主要有两种方法：常规进入法和卡模型进入法。常规方法需穿戴任天堂限定斗篷或TGC斗篷，而卡模型法则无需特殊斗篷，但存在被修复的风险。常规进入方法要求玩家首先前往暮土地图，在暮土大厅换衣柜旁找到大水管隐藏门。穿戴任天堂红蓝限定斗篷或TGC斗篷后，可直接进入水管传送至马里奥遇境。若未穿戴对应斗篷，系统会提示需要特殊衣服并强制传送回遇境。进入后，场景将切换为2D横版模式，音效变为经典红白机风格，玩家可挑战跳跃关卡、收集金币和星星，或与好友互动。
卡模型进入法适用于未获得限定斗篷的玩家。首先需在暮土试衣间左侧找到管道入口，切换垂直飞行模式（非滑翔）向上飞行。视野被云层遮挡后继续攀升，直至发现石壁。环绕石壁寻找缺口，跳入地图模型内部，瞄准降落点并进入水管即可抵达马里奥遇境。此方法需注意飞行高度控制，过高会导致白屏并传回遇境，建议将画质调至两格以提高成功率。
马里奥遇境内包含多种互动元素，如红石陷阱、隐藏关卡和可收集道具。玩家需注意躲避水管中的食人花，接触可能导致光翼损失。地图支持3D与2D模式切换，部分区域需双人协作触发机关。若计划长期探索，可创建小号常驻该地图，通过白屏过图机制将大号传入，避免重复操作。
