游戏中的方向键、攻击键、跳跃键以及查克拉键的合理配置是操作流畅的前提。建议在游戏开始前熟悉按键设置，将常用技能分配到易于操作的按键上，例如将忍术设置为U或I键，特殊技能设置为O或L键。防御键和替身术键的灵活运用也能显著提升生存能力。基础操作的熟练度直接决定了连招的连贯性和战斗节奏的掌控。
不同忍者的技能释放速度和操作难度差异较大，新手建议优先选择操作简单的角色，例如宇智波鼬或漩涡鸣人。这类忍者的技能释放流畅且连招稳定，便于快速适应游戏节奏。高灵活性的忍者虽然上限更高，但需要更精准的时机把控，初期容易因操作失误影响手感。熟悉忍者的技能特性后，再逐步尝试更复杂的角色。
技能连招的熟练度是手感的核心体现。每个忍者的技能组合和释放顺序都有固定逻辑，例如常规连招通常以二技能起手，接普通攻击连段，最后用一技能收尾。爆发连招则需要通过长按技能取得先手优势，衔接奥义打出高伤害。连招练习需注重节奏感，避免因按键过快或过慢导致中断。在训练模式中反复模拟实战场景，能有效巩固肌肉记忆。
决斗场是提升操作的最佳场所，初期可通过与机器人对战熟悉预判和走位，再逐步过渡到段位赛。战斗中需学会骗技能和替身，例如预估对方替身冷却时间后暂停连招，或利用走位诱导对方释放技能。通灵兽和秘卷的合理搭配能弥补操作短板，例如使用霸体秘卷抵消控制效果。持续的高强度对抗能加速操作本能的形成。
