要进入荒海中间的井底，首先需要传送到荒海陆地上的传送锚点，然后向樱花树的井口飞去并下井。下井后会正对着鸟居，向左走前行，在看到灯后继续向左走，这时会看到解密机关，攻击使其全部旋转到一面即可完成解密。解密后会在旁边宝箱的位置出现入口，下去后前行，看到楼梯后上去，然后向后看，依旧是同样的解密机关，解密后朝出口外走，下楼梯开门后顺着路走，就能看到传送锚点。
进入井底后，需要装备背包中的留念镜，对准周围的小雕像进行扫描。扫描后小雕像会消失，出现几个机关，将周围几个机关都启动。之后在房间里找到拥有镇物的雕像，放置镇物开始净化。按照图中的数字调节序列，点击祝祷，会出现一个落武者，打败他即可完成净化。完成净化后，井底通道入口即可打开。
继续深入井底，向左边走通过解谜雷元素机关，可以让水位下降。这时会看到一个洞，直接跳下去往右侧一直游，可以看到雷元素机关，在原始状态下通过攻击中间的机关两次即可。地下水消失后，朝北方一直走，可以看到密室大门，点击启动即可进入更深层的区域。
在荒海海底世界的探索过程中，需要先找到荒海中间大树旁的三根雷柱，跳到中间圆柱下去可以到达地底。进门就可以看到神樱大祓的任务，顺序是前1，左3，左上2，右3，右上2。右手边是一个大门，需要解锁两个仙灵，一个仙灵在柱子上，另外一个仙灵在大祓树的左边。把左边机关过完可以获得一个宝箱，旁边有个水潭，下去一直游可以发现五个机关，解锁后水位会下降。
