主力编队的核心在于合理分配舰船的前中后排站位，并根据舰船定位和战斗序列优化攻防配置。前编队应优先选择防御型或高生存能力的舰船，如坦克类角色或装甲护卫舰，这类舰船能够承受敌方开局火力，为后续输出创造稳定的战斗环境。中编队需要配置高爆发伤害的舰船，例如狙击手或刺客型角色，目的是快速压制敌方关键目标，缩短战斗周期。后编队则侧重控制和逆袭能力，通常选择法师或战士类角色，在战斗后期通过技能扭转战局。舰船的站位由蓝图中的定位决定，无法手动调整，因此编队前需明确每艘舰船的默认位置。
编队构建需围绕卡组概念展开，常见的卡组类型包括攻击型、防守型、控制型和资源型。确定卡组方向后，舰船选择会更有针对性，避免盲目搭配。攻击卡组侧重火力压制，防守卡组强调持久战能力，控制卡组擅长干扰敌方节奏，资源卡组则专注于后勤保障。每种卡组对舰船类型和技能组合的要求不同，例如攻击卡组需要优先配置高伤害的主炮舰船，而控制卡组则依赖减速或眩晕类技能的舰船。卡组并非固定模板，玩家可根据实战需求灵活调整。
舰船技术值的分配直接影响编队强度。防御型舰船应优先提升护甲和能量抗性，输出型舰船则侧重冷却缩减、暴击率和伤害加成。部分特殊舰船如奶船或载机舰需要针对性加点，例如维修舰优先缩短技能冷却时间，载机舰强化舰载机属性。技术值分配需结合舰船定位和团队需求，避免资源浪费。高人口舰船如战列巡洋舰或航母通常作为增援单位加入编队，能有效突破指挥值限制，但需注意增援后舰队移动速度会调整为最慢舰船的标准。
实战中编队需根据敌方配置动态调整。若敌方舰载机数量较多，应编入防空型战舰或对空战机；遭遇高爆发阵容时，可增加前排肉盾舰船的比例。高速编队适合执行包夹战术，利用移动优势绕开敌方前排直接攻击中后排单位。采矿等非战斗场景则需单独配置工程舰与运输舰混编队伍，提升资源采集效率。编队名称可发挥战术迷惑作用，例如将主力舰队命名为辅助舰队以误导对手。
高等级野怪据点通常采用分批次挑战策略，通过垃圾船吸引部分敌人以创造单挑条件。封锁指令可用于自动化刷怪，但需注意野怪据点的刷新机制和舰队血量管理。维修舰在后期作用有限，建议替换为输出舰船以加快战斗节奏。编队最终强度取决于舰船练度、技术值分配和实战策略的综合运用，没有绝对完美的配置方案。
