打完四大天王和冠军后，首先记得去找大木博士升级图鉴，只要集齐60种宝可梦就能解锁全国图鉴，这时候会开启全新的岛屿冒险。坐船来到1号岛的火焰山，右边山洞里藏着火箭队成员，打败他们后要用怪力技能推石头才能拿到红宝石，带回给博士就能获得船票自由航行啦。
七个岛屿藏着各种神兽和稀有宝可梦，比如4号岛的冰洞要用滑冰技巧拿到登瀑布秘传机，还能遇见四天王之一的冰系训练家；5号岛能拿到波克比的蛋，岛上迷宫里有五个隐藏道具。记得随身带够解状态药和高级球，遇到神兽时最好先存档，它们的技能可是相当厉害的。每个岛屿都有独特剧情，比如解决火箭队事件或是帮助NPC完成任务。
回到关都地区后，别忘了去以前被卡比兽挡住的路，现在用宝可梦笛子叫醒它们就能探索新区域。双子岛用冲浪技能能找到急冻鸟，按特定顺序推石头堵住瀑布就能挑战它。冠军之路也是练级宝地，野生宝可梦等级都很高，边刷经验边收集之前漏掉的道具。有些隐藏洞穴需要特定技能才能进入，比如发电厂要用闪光和碎石技能开路。
如果想收集全图鉴，这时候最适合去补抓稀有宝可梦。常青森林能遇到皮卡丘，月见山有皮皮和化石宝可梦，用钓竿在不同水域能钓到迷你龙等水系宝可梦。记得每天查看商店的特殊商品，有时候会刷新进化石。培养队伍时可以去对战塔试试组合，把之前没练过的宝可梦也培养起来会很有趣。通关后最大的乐趣就是自由探索了，所有地图障碍都已解除，可以慢慢欣赏游戏细节。和每个NPC再次对话可能会触发新剧情，有些房子之前进不去现在能发现惊喜。
