秘密纸条的获取有一个基本前提，即必须首先完成一个名为冬日谜团的剧情事件才能解锁。该事件会在冬季的某当玩家从农场走向巴士站时自动触发，一个暗影人从面前跑过，调查旁边的灌木丛后，暗影人会赠送给玩家一个放大镜，此后玩家才能够在游戏中通过各种日常活动来发现秘密纸条。需游戏中还存在一种与秘密纸条类似的收集品叫做日记残页，但其获取仅限于姜岛区域。
获得放大镜后，玩家便可以通过多种常规途径来随机获取秘密纸条，其掉落并非固定位置，而是嵌入在日常活动之中。具体方式包括使用工具清理农场中的杂草和石头、用斧头砍伐树木、在矿井中挖掘矿石或击碎巨石、使用鱼竿钓鱼以及在地下矿洞中击败各类怪物，这些活动均有较低的概率生成一张秘密纸条。关于掉落概率有一个动态判定机制，系统会根据玩家已发现的纸条总数进行判定，未发现的纸条越少，新纸条的掉率就越低；当集齐全部纸条后，则不会再掉落。有一个百分百获得秘密纸条的方法是收割巨大作物，即用斧头收获由花椰菜、甜瓜或南瓜形成的巨大作物时必定会得到一张。
秘密纸条的内容主要分为两大类，一类是揭示村民的喜好物品以辅助提升好感度，另一类则是包含谜题指向特定地点或奖励的探索任务。部分纸条需要玩家根据其提供的线索进行解谜才能获取实物奖励，例如有一张纸条提示玩家在每月28日的中午检查儿童游乐场北侧的灌木丛；另一张则要求玩家用镐子敲击社区中心背后的特定位置。较为复杂的如秘密纸条10，要求玩家先深入矿井第120层获得头骨钥匙以解锁沙漠骷髅洞穴，并完成齐先生的挑战任务，之后前往骷髅洞穴的第100层才能触发后续剧情并获得永久提升生命值的奖励。
秘密纸条本身作为可携带物品，可以赠送给村民，但它普遍被视为不受欢迎的礼物，因此不推荐将其作为赠礼选择。玩家在根据纸条谜题寻找宝藏时，需要到达指定地点并使用正确的工具进行互动，例如在Joja超市旁的河岸向北走到尽头，对最北方的地块使用锄头挖掘，便能获得一个绿色的诡异玩偶，这个玩偶可以捐赠给博物馆以完成古物收集。
