特洛伊晶体矿运输的核心流程分为定位接收站、编组运输舰队、安全策略和资源兑换四个关键环节。特洛伊晶体接收站通常位于星系边缘，地图上显示为红色图标，需提前规划航线避免途经高威胁区域。运输前需确保基地库存达到1万单位的最低提交标准，通过点击接收站的运输按钮即可完成提交操作。运输过程中可能遭遇敌对势力拦截，建议选择非活跃时段或同盟控制的安全航线执行任务。
运输舰队的编组需要兼顾载货量与航行效率，中型工程舰搭配AC721载货型舰船是常见配置。工程舰的仓库扩容技术能显著减少往返次数，建议优先升级相关模块。若需长距离运输，可先派遣高速侦察舰抵达目标区域，再通过增援功能快速调动运输舰队，利用曲率航行缩短时间。独立矿区的开采需配置独立舰队，而伴生矿可结合常规资源采集同步进行。
未加入同盟的玩家应避免暴露运输路线，可通过侦查舰提前探测路径安全。同盟玩家可申请军事护航或利用同盟占领的太空城作为中转站，这些城市会持续生成特洛伊晶体并自动转化为同盟积分。运输途中遭遇袭击时应立即撤回舰队，损失超过30%即触发自动撤退机制，但会丢失部分矿石。
除提交至接收站获取评定积分外，可在基地仓库直接兑换特殊舰船蓝图，该功能在未加入同盟时尤为重要。兑换比例随星系开拓进度动态调整，后期可能出现稀有舰船兑换选项。太空城控制权直接影响全同盟的晶体采集效率，因此围绕矿区的战略争夺往往持续整个赛季。运输量的统计将影响最终赛季评定，但单次运输量超过50万单位不会获得额外加成。
