航母作为核心战略单位，其战机搭载与配置直接影响舰队战斗力。航母搭载战机需通过机库模块实现，不同航母型号的机库模块差异显著。CV3000初始配置为5架大型战机和3架护航艇，可通过B2模块额外增加3架护航艇；太阳鲸武装战略航空母舰初始搭载6架护航艇，M2模块可扩展至8架大型战机；南十字星元帅级-TE武装航空母舰则可通过B1附加舰载机系统增加4架中型战机。战机类型选择需结合战场需求，维塔斯B010等离子能量弹轰炸机适合对舰高爆发输出，刺鳐型重型隐身鱼雷轰炸机兼顾生存与输出，牛蛙型攻城鱼雷轰炸机专精攻城但生存能力较弱。
战机搭载需遵循航母的指挥值分配原则，避免超载导致舰队失衡。每艘航母的指挥值上限固定，大型战机占用指挥值较高，需优先保证主力输出战机的配置。护航艇作为针对战机的特殊单位，可补充防空或对舰火力，但需注意其护甲偏低的弱点。搭载过程中需通过蓝图研究解锁战机生产线，并在战舰生产界面完成战机建造。战机配置完成后需点击携带按钮将其编入航母作战序列，未携带的战机无法参与战斗。
战机强化是提升航母战力的关键环节。技术值加点需针对性提升战机核心属性，例如轰炸机优先强化单发伤害与锁定时间，强击机侧重冷却缩减与命中率。维塔斯B010的等离子能量弹可通过加点将冷却时间从24秒缩短至16秒，显著提升输出效率；牛蛙型攻城鱼雷轰炸机的鱼雷饱和打击策略需点满才能发挥对驱逐舰的压制效果。战机升级材料主要通过战斗与任务获取，也可通过抽卡系统补充。
实战中航母需配合舰队整体战术部署。搭载战机的航母应置于舰队后排，由战巡或巡洋舰承担前排抗伤职责。群战时采用封锁战术夹击敌方，避免单支航母舰队突进。劣势局需及时将航母编队撤离至小行星带等安全区域，优势局则需防范敌方偷袭。若基地被封锁且无法防御，可主动拆除航母保留资源重建。
