击败肉山标志着游戏正式进入困难模式，世界会永久性转变为更具挑战性的状态，原有的腐化或猩红之地以及新出现的神圣之地会开始迅速蔓延，同时怪物强度将显著提升。你的首要任务是适应这种剧变，并利用新出现的资源来强化自己，以应对更强大的敌怪。进入困难模式后，世界会添加神圣之地及其地下版本，它们与腐化或猩红之地将以稳定的节奏持续蔓延，如果处理不当，最终可能占领整个世界。这个阶段的核心在于收集新资源、制作强力装备并挑战一系列更强大的首领。
肉山后的第一要务是使用其掉落的神圣之锤去摧毁世界中的恶魔祭坛或猩红祭坛。每摧毁一个祭坛，都会为世界随机刷新三种新的高级矿石。摧毁的第一个祭坛会生成钴蓝矿或钯金矿，第二个生成秘银矿或山铜矿，第三个生成精金矿或钛金矿。获取新矿石后，应立即着手升级你的采矿工具和装备，优先制作钴蓝钻头或钯金钻头以提高采矿效率是常见选择，随后再逐步升级至更高级的镐或钻头以及对应的盔甲套装，例如钛金套或精金套，为后续挑战奠定基础。在此过程中，携带能够显示矿物的物品或药水深入地下探索将大大提高效率。
在装备初步成型后，你需要开始为挑战困难模式的新首领做准备。机械首领是中期核心挑战，通常的建议攻略顺序是毁灭者、双子魔眼、机械骷髅王。击败机械首领后，丛林将进入活跃生长状态，并生成世纪之花花苞，破坏后触发世纪之花战斗。击败世纪之花会掉落神庙钥匙，从而解锁丛林神庙。挑战这些首领需要合适的战斗场地，例如搭建多层平台，并合理利用药水、篝火等增益。你需要重点收集两种关键材料：光明之魂与黑暗之魂，它们分别由地下神圣之地与地下腐化或猩红之地的敌怪掉落，是合成许多强力武器、工具和召唤钥匙的关键材料。利用这些灵魂制作的钥匙放入空宝箱可以召唤对应的宝箱怪，击败后有机会获得代达罗斯风暴弓等强力武器。
击败世纪之花并进入丛林神庙后，你需要找到并使用电池召唤并击败石巨人。步入游戏最终阶段，需要在地牢入口击败拜月教邪教徒，这会触发月球事件，随后你需要依次击败由拜月教邪教徒召唤的四个天界柱。在四根天界柱都被击败后，游戏的主要最终首领月亮领主将会出现。成功挑战月亮领主意味着普通模式主线流程的基本结束。在整个肉山后的进阶过程中，也可以通过钓鱼获得的匣子开出矿石，或者在特定生物群落搭建房屋以吸引新的NPC入住，例如在蘑菇生物群系建造房屋以吸引松露人入住，从而获得更多资源和道具。
