失落的方舟中沉船主要分为两类，可收集的遇难船残骸集中在无风地带孤立海域，仅见部分破损船体露出海面；幽灵船为限时活动副本，460装等梦魇幽灵船在普罗奇昂海以北、960装等暗影幽灵船在费顿以东、高难风暴幽灵船在帕普妮卡东南，地图会以小船图标标注刷新位置。
遇难船残骸的获取需先解锁航海功能，驾驶船只在无风地带巡航，当小地图出现异常漂浮物提示时，靠近破损船体交互即可收集，该物品绑定远征队无法交易，主要用于在贫瘠通道渔叉狩猎公会船兑换奖励。幽灵船则需关注每周限时活动，提前抵达对应海域，活动开启后地图会刷新幽灵船图标，驾驶船只靠近即可进入副本，入场前建议搭载高抗性船员，提升在恶劣海域的航行稳定性。
进入沉船副本后，需优先完成核心任务，梦魇幽灵船需清理第一波小怪与精英怪，再集中火力击破法师类BOSS，同时躲避其大范围攻击圈与恐惧技能；暗影幽灵船与风暴幽灵船则需根据装等调整配置，优先处理召唤的增援精英怪，避免被属性压制压制。遇难船任务需搜索关键线索，比如甲板木箱上的破损航海日志，交互触发剧情后清理腐坏船员，再前往下层储物间寻找应急开关，激活后才能解锁出口通道。
沉船探索的关键技巧需牢记，幽灵船活动期间提前2分钟到达附近海域，避免因航行延误错过入场时机；携带足够的修理材料与弹药，应对海上突发损坏与持久战；组队时合理分配角色，确保有输出、防御与修理能力，提升通关效率。遇难船残骸收集可组建舰队共享坐标，减少重复巡航时间，同时注意背包空间，残骸占用独立格位，定期清理或兑换可优化存储结构。
完成沉船相关任务可获得丰厚奖励，遇难船任务能获取高海币，用于购买船员申请表、强化材料等实用物资；幽灵船副本掉落海盗币、刻印书、稀有卡牌，累计完成阴森的夜雾任务12次，还可解锁永久幽灵船埃伯恩的伤口，这艘船在高抗性与速度上均有优势，是航海必备船只。
